Vergelijkende evaluatie van DNA-extractiekit, matrixmonster en qPCR-testen voor bewaking van runderbabesiose.

Vergelijkende evaluatie van DNA-extractiekit, matrixmonster en qPCR-testen voor bewaking van runderbabesiose.

by

Boviene babesiose veroorzaakt door protozoaire parasieten Babesia bovis en B. bigemina is een van de belangrijkste oorzaken van verliezen voor de vee-industrie in tropische en subtropische gebieden van de wereld. Daarom zijn zeer gevoelige en specifieke instrumenten voor de detectie en monitoring van deze hemoparasieten vereist, vooral bij dragende dieren, waarin meestal lage parasietniveaus aanwezig waren.

In deze context zijn de qPCR-assays de afgelopen jaren met succes en eerlijk gebruikt. Met het oog op het verbeteren van de prestatie van Babesia-niveauscontrole door qPCR, werden enkele van de belangrijkste aspecten van deze methodologie die de resultaten kunnen beïnvloeden getest: DNA-extractiekits, EDTA-voorbehandeling in vol bloed, bloedbron (punt van de staart of halsader), isolatie van erytrocyten , FTA-kaartinterferentie en qPCR-detectiesysteem. Onder onze experimentele omstandigheden hebben zowel EDTA-voorbehandeling als FTA-kaarttoepassing geen invloed op de detectiegevoeligheid, en twee DNA-extractiekits boden een hogere gevoeligheid in vergelijking met andere. Zoals verwacht vertoonden bloedmonsters verzameld uit de punt van staartvaten hogere niveaus van B. bovis-DNA in vergelijking met die verkregen uit de halsader, en erytrocyten die geïsoleerd werden verwerkt, hebben ook de gevoeligheid verbeterd in vergelijking met volbloed.

Bovendien vertoonden beide qPCR-assays die hier zijn ontwikkeld met behulp van hydrolyse-sondes voor B. bovis- en B. bigemina-detectie, verbeterde reproduceerbaarheid in vergelijking met qPCR-assays met behulp van intercalerend kleurstofsysteem. Zelfs qPCR voor B. bigemina met behulp van de hier ontwikkelde hydrolyse-sonde vertoonde een hogere gevoeligheid in vergelijking met het intercalerende kleurstofsysteem. Deze studie heeft bijgedragen tot de verbetering van de moleculaire diagnose van boviene babesiose, wat epidemiologische studies met betrekking tot deze pathogenen kan verbeteren.

Evaluatie van Simplexa Group A Strep Direct Kit vergeleken met Hologic Group A Streptococcen Direct Assay voor detectie van Groep A Streptococcus in keeluitstrijkjes.

De diagnose van bacteriële faryngitis wordt bevestigd door detectie van groep A Streptococcus (GAS) in keelmonsters van patiënten. Het testen van keelmonsters is van oudsher gebaseerd op kweek, maar nieuwe moleculaire methoden maken een veel snellere testdoorlooptijd mogelijk (d.w.z. dezelfde dag versus 48 tot 72 uur voor kweek). Ons laboratorium gebruikt de Hologic GAS Direct (GASD) -test voor het screenen van meer dan 125.000 keelmonsters per jaar.

Simplexa GAS Direct is een nieuwe real-time kwantitatieve PCR (qPCR) -test waarvoor geen initiële DNA-extractie nodig is. De prestaties van Simplexa qPCR werden vergeleken met GASD. In totaal werden 289 keeluitstrijkjes verzameld van patiënten die ambulante klinieken bezochten in Calgary, Alberta, Canada. In totaal waren 60 (20,8%) van de monsters aanvankelijk GAS-positief met beide methoden: 54 met beide methoden, 4 met Simplex qPCR alleen en 2 met GASD alleen.

Een interne PCR met behulp van een unieke GAS-primerset werd gebruikt om de 6 discrepante resultaten op te lossen. Over het algemeen had GASD in vergelijking met Simplexa qPCR een gevoeligheid, specificiteit, positief voorspellende waarde en negatief voorspellende waarde van respectievelijk 93,1% versus 100%, 100% versus 100%, 100% versus 100% en 98,31% versus 100%. Implementatie van Simplexa qPCR in onze laboratoriumomgeving zou meer kosten, maar zou het mogelijk maken om het hoge monstervolume in de helft van de tijd te rapporteren en 0,62 fulltime equivalent (FTE) voor medisch laboratoriumtechnici (MLT) te besparen. In vergelijking met cultuur zou de implementatie van Simplexa qPCR 2,79 FTE voor medisch laboratoriumassistent (MLA) plus 0,94 MLT FTE besparen. Simplexa qPCR heeft de prestaties en diagnostische efficiëntie in een laboratorium met grote volumes verbeterd in vergelijking met GASD voor GAS-detectie in keelzwabbers.

Vergelijkende evaluatie van DNA-extractiekit, matrixmonster en qPCR-testen voor bewaking van runderbabesiose.

PCR selecteren voor de diagnose van intestinale parasitose: keuze van doelen, evaluatie van interne tests en vergelijking met commerciële kits.

Microscopie van ontlastingsmonsters is een arbeidsintensieve en onnauwkeurige techniek voor het opsporen van darmparasieten die diarree veroorzaken en vervanging door PCR is aantrekkelijk. Bijna alle gevallen van diarree veroorzaakt door parasieten gedurende een periode van negen jaar in ons laboratorium waren te wijten aan Giardia lamblia, Cryptosporidium-soorten of Entamoeba histolytica, gedetecteerd door microscopie.

We evalueerden en selecteerden in-house singleplex real-time PCR (RT-PCR) -testen voor deze pathogenen in 99 ontlastingsmonsters van patiënten waarvan werd vermoed dat ze darmparasitose hadden, getest met microscopie. De strategie omvatte een geslachtspecifieke PCR-test voor C. parvum en C. hominis, met daaropvolgende identificatie door een PCR die onderscheid maakt tussen de twee soorten.

G. lamblia werd gedetecteerd in vijf en C. parvum in één van de 68 microscopie-negatieve monsters. De prestaties van de interne RT-PCR-assays werden vergeleken met drie in de handel verkrijgbare multiplex test (MT-PCR) kit-systemen in 81 ontlastingsmonsters, verzameld in 28 microscopie-positieve en 27 microscopie-negatieve monsters van individuen die verdacht werden van darmparasitose en in 26 monsters van individuen zonder verdenking van parasitaire infectie. De interne testen detecteerden parasieten in meer monsters van patiënten waarvan werd vermoed dat ze parasitose hadden dan bij alle kits. We concluderen dat commerciële kits zich richten op relevante parasieten, maar hun prestaties kunnen variëren.

Ontwikkelingsvalidatie van GlobalFiler ™ PCR-amplificatiekit: een 6-kleurstof multiplex-assay ontworpen voor amplificatie van casusmonsters.

De GlobalFiler ™ PCR-versterkingskit is een enkele multiplex-assay die een set van 24 markers amplificeert, die de European Standard Set en de door CODIS (Combined DNA Index System) aanbevolen samengestelde set van loci omvat. Naast meer loci en een chemieformaat met 6 kleurstoffen, is de Master Mix geformuleerd om een ​​hoger laadvolume van monsters voor sporen-DNA-monsters mogelijk te maken. De GlobalFiler ™ -kit is geoptimaliseerd om hoge prestaties te leveren op casusmonsters en tegelijkertijd een snelle thermische cyclus te leveren, met een versterkingstijd van ongeveer 80 minuten.

Caspase-1 Fluorometric Assay Kit
K110-200
EUR 620

Caspase-1 Fluorometric Assay Kit
K110-25
EUR 207

Caspase-1 Fluorometric Assay Kit
K110-400
EUR 958

Caspase-1 Colorimetric Assay Kit
K111-100
EUR 479

Caspase-1 Colorimetric Assay Kit
K111-200
EUR 620

Caspase-1 Colorimetric Assay Kit
K111-25
EUR 207

Caspase-1 Colorimetric Assay Kit
K111-400
EUR 958

Caspase 1 Assay Kit, green
KF17201 25 Tests
EUR 325

660 Caspase-1 Assay Kit
KF17362 25-50 Tests
EUR 349

Caspase-3 DEVD-R110 Fluorometric HTS Assay Kit
30009-1 1KIT
EUR 100
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 1KIT

Caspase-8 IETD-R110 Fluorometric HTS Assay Kit
30012-1 1KIT
EUR 100
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 1KIT

FAM FLICAâ„¢ POLY CASPASE KIT (OKSA11268)
OKSA11268 25 Tests
EUR 591
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ POLY CASPASE KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ POLY CASPASE KIT (OKSA11269)
OKSA11269 100 Tests
EUR 1524
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ POLY CASPASE KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-6 KIT (OKSA11272)
OKSA11272 25 Tests
EUR 598
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-6 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-6 KIT (OKSA11273)
OKSA11273 100 Tests
EUR 1550
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-6 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-8 KIT (OKSA11276)
OKSA11276 25 Tests
EUR 591
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-8 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-8 KIT (OKSA11277)
OKSA11277 100 Tests
EUR 1524
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-8 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-9 KIT (OKSA11278)
OKSA11278 25 Tests
EUR 591
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-9 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-9 KIT (OKSA11279)
OKSA11279 100 Tests
EUR 1524
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-9 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-2 KIT (OKSA11282)
OKSA11282 25 Tests
EUR 557
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-2 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM-Phe-CMK Serine Protease Assay Kit
abx299010-25tests 25 tests
EUR 566
  • Shipped within 1 week.

FAM-Leu-CMK Serine Protease Assay Kit
abx299011-25tests 25 tests
EUR 566
  • Shipped within 1 week.

FAM-Leu-DAP Serine Protease Assay Kit
abx299012-25tests 25 tests
EUR 566
  • Shipped within 1 week.

FAM-Phe-DAP Serine Protease Assay Kit
abx299013-25tests 25 tests
EUR 582
  • Shipped within 1 week.

FAM-Phe-CMK FLISP™ Assay Kit
KF17314 25 Tests
EUR 291

FAM-Phe-CMK FLISP™ Assay Kit
KF17315 100 Tests
EUR 695

FAM-Lue-CMK FLISP™ Assay Kit
KF17316 25 Tests
EUR 291

FAM-Leu-CMK FLISP™ Assay Kit
KF17317 100 Tests
EUR 695

Caspase 3 Assay Kit
20-abx294003
  • EUR 1255.00
  • EUR 457.00
  • EUR 770.00
  • 100 tests
  • 20 tests
  • 50 tests
  • Shipped within 5-12 working days.

Poly-Caspase Assay Kit
20-abx299016
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests
  • Shipped within 1 week.

Caspase 6 Assay Kit
20-abx299018
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests
  • Shipped within 1 week.

Caspase 8 Assay Kit
20-abx299020
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests
  • Shipped within 1 week.

Caspase 9 Assay Kit
20-abx299021
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests
  • Shipped within 1 week.

Poly-Caspase Assay Kit
abx299022-2550tests 25-50 tests
EUR 692
  • Shipped within 1 week.

Poly-Caspase Assay Kit
20-abx299025
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests
  • Shipped within 1 week.

Caspase 2 Assay Kit
abx299026-25tests 25 tests
EUR 582
  • Shipped within 1 week.

Caspase 10 Assay Kit
abx299027-100tests 100 tests
EUR 1302
  • Shipped within 1 week.

Caspase 9 Assay Kit
20-abx299035
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests
  • Shipped within 1 week.

Caspase 12 Assay Kit
55R-1290 25 assays
EUR 328
Description: Assay Kit for detection of Capase 12 activity in the research laboratory

Glycerol Cell-Based Assay Kit
K977-100
EUR 490

FAM-Spacer-Phe-CMK FLISP™ Assay Kit
KF17322 25 Tests
EUR 291

FAM-Spacer-Phe-CMK FLISP™ Assay Kit
KF17323 100 Tests
EUR 695

FAM-Spacer-Leu-CMK FLISP™ Assay Kit
KF17324 25 Tests
EUR 291

Caspase-8 IETD-R110 Fluorometric and Colorimetric Assay Kit (25 assays)
30011-1 1KIT
EUR 204
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 1KIT

Caspase-2 Activity Assay Kit
AR4004-100Assays 100 Assays
EUR 514

Caspase-2 Activity Assay Kit
AR4004-25Assays 25 Assays
EUR 236

Caspase-2 Activity Assay Kit
AR4004-50Assays 50 Assays
EUR 340

Caspase 3/7 Assay Kit
20-abx299017
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests
  • Shipped within 1 week.

Caspase 3/7 Assay Kit
abx299024-2550tests 25-50 tests
EUR 692
  • Shipped within 1 week.

Caspase 3/7 Assay Kit
20-abx299028
  • EUR 1193.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests
  • Shipped within 1 week.

Caspase 3 Fluorometric Assay Kit
55R-1269 25 assays
EUR 277
Description: Assay Kit for detection of Capase 3 activity in the research laboratory

Caspase 3 Colorimetric Assay Kit
55R-1270 25 assays
EUR 277
Description: Assay Kit for detection of Capase 3 activity in the research laboratory

Caspase 8 Fluorometric Assay Kit
55R-1274 25 assays
EUR 277
Description: Assay Kit for detection of Capase 8 activity in the research laboratory

Caspase 8 Colorimetric Assay Kit
55R-1275 25 assays
EUR 277
Description: Assay Kit for detection of Capase 8 activity in the research laboratory

Caspase 6 Fluorometric Assay Kit
55R-1276 25 assays
EUR 287
Description: Assay Kit for detection of Capase 6 activity in the research laboratory

Caspase 6 Colorimetric Assay Kit
55R-1277 25 assays
EUR 284
Description: Assay Kit for detection of Capase 6 activity in the research laboratory

Caspase 2 Fluorometric Assay Kit
55R-1278 25 assays
EUR 284
Description: Assay Kit for detection of Capase 2 activity in the research laboratory

Caspase 2 Colorimetric Assay Kit
55R-1279 25 assays
EUR 303
Description: Assay Kit for detection of Capase 2 activity in the research laboratory

Caspase 9 Fluorometric Assay Kit
55R-1280 25 assays
EUR 277
Description: Assay Kit for detection of Capase 9 activity in the research laboratory

Caspase 9 Colorimetric Assay Kit
55R-1281 25 assays
EUR 296
Description: Assay Kit for detection of Capase 9 activity in the research laboratory

Caspase 5 Fluorometric Assay Kit
55R-1282 25 assays
EUR 284
Description: Assay Kit for detection of Capase 5 activity in the research laboratory

Caspase 5 Colorimetric Assay Kit
55R-1283 25 assays
EUR 303
Description: Assay Kit for detection of Capase 5 activity in the research laboratory

Caspase 10 Fluorometric Assay Kit
55R-1284 25 assays
EUR 284
Description: Assay Kit for detection of Capase 10 activity in the research laboratory

Caspase 10 Colorimetric Assay Kit
55R-1285 25 assays
EUR 303
Description: Assay Kit for detection of Capase 10 activity in the research laboratory

Caspase 4 Fluorometric Assay Kit
55R-1286 25 assays
EUR 303
Description: Assay Kit for detection of Capase 4 activity in the research laboratory

Caspase 4 Colorimetric Assay Kit
55R-1287 25 assays
EUR 312
Description: Assay Kit for detection of Capase 4 activity in the research laboratory

Caspase-12 Fluorometric Assay Kit
K139-100
EUR 501

Caspase-12 Fluorometric Assay Kit
K139-25
EUR 256

Caspase-5 Colorimetric Assay Kit
K123-100
EUR 468

Caspase-5 Colorimetric Assay Kit
K123-200
EUR 615

Caspase-5 Colorimetric Assay Kit
K123-25
EUR 213

Caspase-5 Colorimetric Assay Kit
K123-400
EUR 958

Caspase-10 Fluorometric Assay Kit
K124-100
EUR 441

Caspase-10 Fluorometric Assay Kit
K124-200
EUR 615

Caspase-10 Fluorometric Assay Kit
K124-25
EUR 202

Caspase-10 Fluorometric Assay Kit
K124-400
EUR 958

Caspase-10 Colorimetric Assay Kit
K125-100
EUR 463

Caspase-10 Colorimetric Assay Kit
K125-200
EUR 615

Caspase-10 Colorimetric Assay Kit
K125-25
EUR 213

Caspase-10 Colorimetric Assay Kit
K125-400
EUR 958

Caspase-4 Fluorometric Assay Kit
K126-100
EUR 468

Caspase-4 Fluorometric Assay Kit
K126-200
EUR 615

Caspase-4 Fluorometric Assay Kit
K126-25
EUR 213

Caspase-4 Fluorometric Assay Kit
K126-400
EUR 925

Caspase-4 Colorimetric Assay Kit
K127-100
EUR 468

Caspase-4 Colorimetric Assay Kit
K127-200
EUR 615

Caspase-4 Colorimetric Assay Kit
K127-25
EUR 229

Caspase-4 Colorimetric Assay Kit
K127-400
EUR 958

Caspase-3 Fluorometric Assay Kit
K2007-100 100 assays
EUR 474

Caspase-3 Fluorometric Assay Kit
K2007-200 200 assays
EUR 696

Caspase-3 Fluorometric Assay Kit
K2007-25 25 assays
EUR 238

Caspase-3 Fluorometric Assay Kit
K2007-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-3 Colorimetric Assay Kit
K2008-100 100 assays
EUR 474

Caspase-3 Colorimetric Assay Kit
K2008-200 200 assays
EUR 696

Caspase-3 Colorimetric Assay Kit
K2008-25 25 assays
EUR 238

Caspase-3 Colorimetric Assay Kit
K2008-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-8 Fluorometric Assay Kit
K2012-100 100 assays
EUR 474

Caspase-8 Fluorometric Assay Kit
K2012-200 200 assays
EUR 696

Caspase-8 Fluorometric Assay Kit
K2012-25 25 assays
EUR 238

Caspase-8 Fluorometric Assay Kit
K2012-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-8 Colorimetric Assay Kit
K2013-100 100 assays
EUR 474

Caspase-8 Colorimetric Assay Kit
K2013-200 200 assays
EUR 696

Caspase-8 Colorimetric Assay Kit
K2013-25 25 assays
EUR 238

Caspase-8 Colorimetric Assay Kit
K2013-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-6 Fluorometric Assay Kit
K2014-100 100 assays
EUR 474

Caspase-6 Fluorometric Assay Kit
K2014-200 200 assays
EUR 696

Caspase-6 Fluorometric Assay Kit
K2014-25 25 assays
EUR 238

Caspase-6 Fluorometric Assay Kit
K2014-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-6 Colorimetric Assay Kit
K2015-100 100 assays
EUR 487

Caspase-6 Colorimetric Assay Kit
K2015-200 200 assays
EUR 696

Caspase-6 Colorimetric Assay Kit
K2015-25 25 assays
EUR 238

Caspase-6 Colorimetric Assay Kit
K2015-400 400 assays
EUR 1101

Caspase-2 Fluorometric Assay Kit
K2016-100 100 assays
EUR 502

Caspase-2 Fluorometric Assay Kit
K2016-200 200 assays
EUR 696

Caspase-2 Fluorometric Assay Kit
K2016-25 25 assays
EUR 238

Caspase-2 Fluorometric Assay Kit
K2016-400 400 assays
EUR 1114

Hier rapporteren we de resultaten van de ontwikkelingsvalidatiestudie die de SWGDAM-richtlijnen (Scientific Working Group on DNA Analysis Methods) volgde en gegevens bevat voor PCR-gebaseerde studies, gevoeligheid, soortspecificiteit, stabiliteit, precisie, reproduceerbaarheid en herhaalbaarheid, concordantie, stotteren , DNA-mengsels en prestaties op mock casework-monsters. De resultaten valideren het multiplex-ontwerp en demonstreren de robuustheid, betrouwbaarheid en geschiktheid van de kit als een test voor menselijke identificatie met DNA-monsters van de behuizing.