Vergelijkende evaluatie van DNA-extractiekit, matrixmonster en qPCR-testen voor bewaking van runderbabesiose.

Boviene babesiose veroorzaakt door protozoaire parasieten Babesia bovis en B. bigemina is een van de belangrijkste oorzaken van verliezen voor de vee-industrie in tropische en subtropische gebieden van de wereld. Daarom zijn zeer gevoelige en specifieke instrumenten voor de detectie en monitoring van deze hemoparasieten vereist, vooral bij dragende dieren, waarin meestal lage parasietniveaus aanwezig waren.

In deze context zijn de qPCR-assays de afgelopen jaren met succes en eerlijk gebruikt. Met het oog op het verbeteren van de prestatie van Babesia-niveauscontrole door qPCR, werden enkele van de belangrijkste aspecten van deze methodologie die de resultaten kunnen beïnvloeden getest: DNA-extractiekits, EDTA-voorbehandeling in vol bloed, bloedbron (punt van de staart of halsader), isolatie van erytrocyten , FTA-kaartinterferentie en qPCR-detectiesysteem. Onder onze experimentele omstandigheden hebben zowel EDTA-voorbehandeling als FTA-kaarttoepassing geen invloed op de detectiegevoeligheid, en twee DNA-extractiekits boden een hogere gevoeligheid in vergelijking met andere. Zoals verwacht vertoonden bloedmonsters verzameld uit de punt van staartvaten hogere niveaus van B. bovis-DNA in vergelijking met die verkregen uit de halsader, en erytrocyten die geïsoleerd werden verwerkt, hebben ook de gevoeligheid verbeterd in vergelijking met volbloed.

Bovendien vertoonden beide qPCR-assays die hier zijn ontwikkeld met behulp van hydrolyse-sondes voor B. bovis- en B. bigemina-detectie, verbeterde reproduceerbaarheid in vergelijking met qPCR-assays met behulp van intercalerend kleurstofsysteem. Zelfs qPCR voor B. bigemina met behulp van de hier ontwikkelde hydrolyse-sonde vertoonde een hogere gevoeligheid in vergelijking met het intercalerende kleurstofsysteem. Deze studie heeft bijgedragen tot de verbetering van de moleculaire diagnose van boviene babesiose, wat epidemiologische studies met betrekking tot deze pathogenen kan verbeteren.

Evaluatie van Simplexa Group A Strep Direct Kit vergeleken met Hologic Group A Streptococcen Direct Assay voor detectie van Groep A Streptococcus in keeluitstrijkjes.

De diagnose van bacteriële faryngitis wordt bevestigd door detectie van groep A Streptococcus (GAS) in keelmonsters van patiënten. Het testen van keelmonsters is van oudsher gebaseerd op kweek, maar nieuwe moleculaire methoden maken een veel snellere testdoorlooptijd mogelijk (d.w.z. dezelfde dag versus 48 tot 72 uur voor kweek). Ons laboratorium gebruikt de Hologic GAS Direct (GASD) -test voor het screenen van meer dan 125.000 keelmonsters per jaar.

Simplexa GAS Direct is een nieuwe real-time kwantitatieve PCR (qPCR) -test waarvoor geen initiële DNA-extractie nodig is. De prestaties van Simplexa qPCR werden vergeleken met GASD. In totaal werden 289 keeluitstrijkjes verzameld van patiënten die ambulante klinieken bezochten in Calgary, Alberta, Canada. In totaal waren 60 (20,8%) van de monsters aanvankelijk GAS-positief met beide methoden: 54 met beide methoden, 4 met Simplex qPCR alleen en 2 met GASD alleen.

Een interne PCR met behulp van een unieke GAS-primerset werd gebruikt om de 6 discrepante resultaten op te lossen. Over het algemeen had GASD in vergelijking met Simplexa qPCR een gevoeligheid, specificiteit, positief voorspellende waarde en negatief voorspellende waarde van respectievelijk 93,1% versus 100%, 100% versus 100%, 100% versus 100% en 98,31% versus 100%. Implementatie van Simplexa qPCR in onze laboratoriumomgeving zou meer kosten, maar zou het mogelijk maken om het hoge monstervolume in de helft van de tijd te rapporteren en 0,62 fulltime equivalent (FTE) voor medisch laboratoriumtechnici (MLT) te besparen. In vergelijking met cultuur zou de implementatie van Simplexa qPCR 2,79 FTE voor medisch laboratoriumassistent (MLA) plus 0,94 MLT FTE besparen. Simplexa qPCR heeft de prestaties en diagnostische efficiëntie in een laboratorium met grote volumes verbeterd in vergelijking met GASD voor GAS-detectie in keelzwabbers.

Vergelijkende evaluatie van DNA-extractiekit, matrixmonster en qPCR-testen voor bewaking van runderbabesiose.

PCR selecteren voor de diagnose van intestinale parasitose: keuze van doelen, evaluatie van interne tests en vergelijking met commerciële kits.

Microscopie van ontlastingsmonsters is een arbeidsintensieve en onnauwkeurige techniek voor het opsporen van darmparasieten die diarree veroorzaken en vervanging door PCR is aantrekkelijk. Bijna alle gevallen van diarree veroorzaakt door parasieten gedurende een periode van negen jaar in ons laboratorium waren te wijten aan Giardia lamblia, Cryptosporidium-soorten of Entamoeba histolytica, gedetecteerd door microscopie.

We evalueerden en selecteerden in-house singleplex real-time PCR (RT-PCR) -testen voor deze pathogenen in 99 ontlastingsmonsters van patiënten waarvan werd vermoed dat ze darmparasitose hadden, getest met microscopie. De strategie omvatte een geslachtspecifieke PCR-test voor C. parvum en C. hominis, met daaropvolgende identificatie door een PCR die onderscheid maakt tussen de twee soorten.

G. lamblia werd gedetecteerd in vijf en C. parvum in één van de 68 microscopie-negatieve monsters. De prestaties van de interne RT-PCR-assays werden vergeleken met drie in de handel verkrijgbare multiplex test (MT-PCR) kit-systemen in 81 ontlastingsmonsters, verzameld in 28 microscopie-positieve en 27 microscopie-negatieve monsters van individuen die verdacht werden van darmparasitose en in 26 monsters van individuen zonder verdenking van parasitaire infectie. De interne testen detecteerden parasieten in meer monsters van patiënten waarvan werd vermoed dat ze parasitose hadden dan bij alle kits. We concluderen dat commerciële kits zich richten op relevante parasieten, maar hun prestaties kunnen variëren.

Ontwikkelingsvalidatie van GlobalFiler ™ PCR-amplificatiekit: een 6-kleurstof multiplex-assay ontworpen voor amplificatie van casusmonsters.

De GlobalFiler ™ PCR-versterkingskit is een enkele multiplex-assay die een set van 24 markers amplificeert, die de European Standard Set en de door CODIS (Combined DNA Index System) aanbevolen samengestelde set van loci omvat. Naast meer loci en een chemieformaat met 6 kleurstoffen, is de Master Mix geformuleerd om een ​​hoger laadvolume van monsters voor sporen-DNA-monsters mogelijk te maken. De GlobalFiler ™ -kit is geoptimaliseerd om hoge prestaties te leveren op casusmonsters en tegelijkertijd een snelle thermische cyclus te leveren, met een versterkingstijd van ongeveer 80 minuten.

Poly-Caspase Assay Kit

20-abx299016
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests

Caspase 6 Assay Kit

20-abx299018
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests

Caspase 8 Assay Kit

20-abx299020
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests

Caspase 9 Assay Kit

20-abx299021
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests

Poly-Caspase Assay Kit

abx299022-2550tests 25-50 tests
EUR 692

Poly-Caspase Assay Kit

20-abx299025
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests

Caspase 2 Assay Kit

abx299026-25tests 25 tests
EUR 582

Caspase 10 Assay Kit

abx299027-100tests 100 tests
EUR 1302

Caspase 9 Assay Kit

20-abx299035
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests

Caspase 12 Assay Kit

55R-1290 25 assays
EUR 328
Description: Assay Kit for detection of Capase 12 activity in the research laboratory

FAM-Phe-CMK FLISP™ Assay Kit

KF17314 25 Tests
EUR 291

FAM-Phe-CMK FLISP™ Assay Kit

KF17315 100 Tests
EUR 695

FAM-Lue-CMK FLISP™ Assay Kit

KF17316 25 Tests
EUR 291

FAM-Leu-CMK FLISP™ Assay Kit

KF17317 100 Tests
EUR 695

FAM-Phe-CMK Serine Protease Assay Kit

abx299010-25tests 25 tests
EUR 566

FAM-Leu-CMK Serine Protease Assay Kit

abx299011-25tests 25 tests
EUR 566

FAM-Leu-DAP Serine Protease Assay Kit

abx299012-25tests 25 tests
EUR 566

FAM-Phe-DAP Serine Protease Assay Kit

abx299013-25tests 25 tests
EUR 582

Glycerol Cell-Based Assay Kit

K977-100
EUR 490

Caspase-8 IETD-R110 Fluorometric and Colorimetric Assay Kit (25 assays)

30011-1 1KIT
EUR 204
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 1KIT

Caspase 1 Colorimetric Cell-Based ELISA Kit

EKC1083 100ul
EUR 572

Caspase 2 Assay Kit, green

KF17202 25 Tests
EUR 304

Caspase 6 Assay Kit, green

KF17204 25 Tests
EUR 304

Caspase 8 Assay Kit, green

KF17205 25 Tests
EUR 304

Caspase 9 Assay Kit, green

KF17206 25 Tests
EUR 304

Caspase 10 Assay Kit, green

KF17207 25 Tests
EUR 304

Caspase 13 Assay Kit, green

KF17208 25 Tests
EUR 304

Caspase 9 Assay Kit, red

KF17302 25 Tests
EUR 304

Caspase-2 Activity Assay Kit

AR4004-100Assays 100 Assays
EUR 514

Caspase-2 Activity Assay Kit

AR4004-25Assays 25 Assays
EUR 236

Caspase-2 Activity Assay Kit

AR4004-50Assays 50 Assays
EUR 340

Caspase 3/7 Assay Kit

20-abx299017
  • EUR 1302.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests

Caspase 3/7 Assay Kit

abx299024-2550tests 25-50 tests
EUR 692

Caspase 3/7 Assay Kit

20-abx299028
  • EUR 1193.00
  • EUR 582.00
  • 100 tests
  • 25 tests

Caspase-3 Fluorometric Assay Kit

K2007-200 200 assays
EUR 696

Caspase-3 Fluorometric Assay Kit

K2007-25 25 assays
EUR 238

Caspase-3 Fluorometric Assay Kit

K2007-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-3 Colorimetric Assay Kit

K2008-200 200 assays
EUR 696

Caspase-3 Colorimetric Assay Kit

K2008-25 25 assays
EUR 238

Caspase-3 Colorimetric Assay Kit

K2008-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-8 Fluorometric Assay Kit

K2012-200 200 assays
EUR 696

Caspase-8 Fluorometric Assay Kit

K2012-25 25 assays
EUR 238

Caspase-8 Fluorometric Assay Kit

K2012-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-8 Colorimetric Assay Kit

K2013-200 200 assays
EUR 696

Caspase-8 Colorimetric Assay Kit

K2013-25 25 assays
EUR 238

Caspase-8 Colorimetric Assay Kit

K2013-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-6 Fluorometric Assay Kit

K2014-200 200 assays
EUR 696

Caspase-6 Fluorometric Assay Kit

K2014-25 25 assays
EUR 238

Caspase-6 Fluorometric Assay Kit

K2014-400 400 assays
EUR 1086

Caspase-6 Colorimetric Assay Kit

K2015-200 200 assays
EUR 696

Caspase-6 Colorimetric Assay Kit

K2015-25 25 assays
EUR 238

Caspase-6 Colorimetric Assay Kit

K2015-400 400 assays
EUR 1101

Caspase-2 Fluorometric Assay Kit

K2016-200 200 assays
EUR 696

Caspase-2 Fluorometric Assay Kit

K2016-25 25 assays
EUR 238

Caspase-2 Fluorometric Assay Kit

K2016-400 400 assays
EUR 1114

Caspase-2 Colorimetric Assay Kit

K2017-200 200 assays
EUR 725

Caspase-2 Colorimetric Assay Kit

K2017-25 25 assays
EUR 251

Caspase-2 Colorimetric Assay Kit

K2017-400 400 assays
EUR 1156

Caspase-9 Fluorometric Assay Kit

K2018-200 200 assays
EUR 669

Caspase-9 Fluorometric Assay Kit

K2018-25 25 assays
EUR 238

Hier rapporteren we de resultaten van de ontwikkelingsvalidatiestudie die de SWGDAM-richtlijnen (Scientific Working Group on DNA Analysis Methods) volgde en gegevens bevat voor PCR-gebaseerde studies, gevoeligheid, soortspecificiteit, stabiliteit, precisie, reproduceerbaarheid en herhaalbaarheid, concordantie, stotteren , DNA-mengsels en prestaties op mock casework-monsters. De resultaten valideren het multiplex-ontwerp en demonstreren de robuustheid, betrouwbaarheid en geschiktheid van de kit als een test voor menselijke identificatie met DNA-monsters van de behuizing.