Vergelijkende evaluatie van DNA-extractiekit, matrixmonster en qPCR-testen voor bewaking van runderbabesiose.

Vergelijkende evaluatie van DNA-extractiekit, matrixmonster en qPCR-testen voor bewaking van runderbabesiose.

door

Boviene babesiose veroorzaakt door protozoaire parasieten Babesia bovis en B. bigemina is een van de belangrijkste oorzaken van verliezen voor de vee-industrie in tropische en subtropische gebieden van de wereld. Daarom zijn zeer gevoelige en specifieke instrumenten voor de detectie en monitoring van deze hemoparasieten vereist, vooral bij dragende dieren, waarin meestal lage parasietniveaus aanwezig waren.

In deze context zijn de qPCR-assays de afgelopen jaren met succes en eerlijk gebruikt. Met het oog op het verbeteren van de prestatie van Babesia-niveauscontrole door qPCR, werden enkele van de belangrijkste aspecten van deze methodologie die de resultaten kunnen beïnvloeden getest: DNA-extractiekits, EDTA-voorbehandeling in vol bloed, bloedbron (punt van de staart of halsader), isolatie van erytrocyten , FTA-kaartinterferentie en qPCR-detectiesysteem. Onder onze experimentele omstandigheden hebben zowel EDTA-voorbehandeling als FTA-kaarttoepassing geen invloed op de detectiegevoeligheid, en twee DNA-extractiekits boden een hogere gevoeligheid in vergelijking met andere. Zoals verwacht vertoonden bloedmonsters verzameld uit de punt van staartvaten hogere niveaus van B. bovis-DNA in vergelijking met die verkregen uit de halsader, en erytrocyten die geïsoleerd werden verwerkt, hebben ook de gevoeligheid verbeterd in vergelijking met volbloed.

Bovendien vertoonden beide qPCR-assays die hier zijn ontwikkeld met behulp van hydrolyse-sondes voor B. bovis- en B. bigemina-detectie, verbeterde reproduceerbaarheid in vergelijking met qPCR-assays met behulp van intercalerend kleurstofsysteem. Zelfs qPCR voor B. bigemina met behulp van de hier ontwikkelde hydrolyse-sonde vertoonde een hogere gevoeligheid in vergelijking met het intercalerende kleurstofsysteem. Deze studie heeft bijgedragen tot de verbetering van de moleculaire diagnose van boviene babesiose, wat epidemiologische studies met betrekking tot deze pathogenen kan verbeteren.

Evaluatie van Simplexa Group A Strep Direct Kit vergeleken met Hologic Group A Streptococcen Direct Assay voor detectie van Groep A Streptococcus in keeluitstrijkjes.

De diagnose van bacteriële faryngitis wordt bevestigd door detectie van groep A Streptococcus (GAS) in keelmonsters van patiënten. Het testen van keelmonsters is van oudsher gebaseerd op kweek, maar nieuwe moleculaire methoden maken een veel snellere testdoorlooptijd mogelijk (d.w.z. dezelfde dag versus 48 tot 72 uur voor kweek). Ons laboratorium gebruikt de Hologic GAS Direct (GASD) -test voor het screenen van meer dan 125.000 keelmonsters per jaar.

Simplexa GAS Direct is een nieuwe real-time kwantitatieve PCR (qPCR) -test waarvoor geen initiële DNA-extractie nodig is. De prestaties van Simplexa qPCR werden vergeleken met GASD. In totaal werden 289 keeluitstrijkjes verzameld van patiënten die ambulante klinieken bezochten in Calgary, Alberta, Canada. In totaal waren 60 (20,8%) van de monsters aanvankelijk GAS-positief met beide methoden: 54 met beide methoden, 4 met Simplex qPCR alleen en 2 met GASD alleen.

Een interne PCR met behulp van een unieke GAS-primerset werd gebruikt om de 6 discrepante resultaten op te lossen. Over het algemeen had GASD in vergelijking met Simplexa qPCR een gevoeligheid, specificiteit, positief voorspellende waarde en negatief voorspellende waarde van respectievelijk 93,1% versus 100%, 100% versus 100%, 100% versus 100% en 98,31% versus 100%. Implementatie van Simplexa qPCR in onze laboratoriumomgeving zou meer kosten, maar zou het mogelijk maken om het hoge monstervolume in de helft van de tijd te rapporteren en 0,62 fulltime equivalent (FTE) voor medisch laboratoriumtechnici (MLT) te besparen. In vergelijking met cultuur zou de implementatie van Simplexa qPCR 2,79 FTE voor medisch laboratoriumassistent (MLA) plus 0,94 MLT FTE besparen. Simplexa qPCR heeft de prestaties en diagnostische efficiëntie in een laboratorium met grote volumes verbeterd in vergelijking met GASD voor GAS-detectie in keelzwabbers.

Vergelijkende evaluatie van DNA-extractiekit, matrixmonster en qPCR-testen voor bewaking van runderbabesiose.

PCR selecteren voor de diagnose van intestinale parasitose: keuze van doelen, evaluatie van interne tests en vergelijking met commerciële kits.

Microscopie van ontlastingsmonsters is een arbeidsintensieve en onnauwkeurige techniek voor het opsporen van darmparasieten die diarree veroorzaken en vervanging door PCR is aantrekkelijk. Bijna alle gevallen van diarree veroorzaakt door parasieten gedurende een periode van negen jaar in ons laboratorium waren te wijten aan Giardia lamblia, Cryptosporidium-soorten of Entamoeba histolytica, gedetecteerd door microscopie.

We evalueerden en selecteerden in-house singleplex real-time PCR (RT-PCR) -testen voor deze pathogenen in 99 ontlastingsmonsters van patiënten waarvan werd vermoed dat ze darmparasitose hadden, getest met microscopie. De strategie omvatte een geslachtspecifieke PCR-test voor C. parvum en C. hominis, met daaropvolgende identificatie door een PCR die onderscheid maakt tussen de twee soorten.

G. lamblia werd gedetecteerd in vijf en C. parvum in één van de 68 microscopie-negatieve monsters. De prestaties van de interne RT-PCR-assays werden vergeleken met drie in de handel verkrijgbare multiplex test (MT-PCR) kit-systemen in 81 ontlastingsmonsters, verzameld in 28 microscopie-positieve en 27 microscopie-negatieve monsters van individuen die verdacht werden van darmparasitose en in 26 monsters van individuen zonder verdenking van parasitaire infectie. De interne testen detecteerden parasieten in meer monsters van patiënten waarvan werd vermoed dat ze parasitose hadden dan bij alle kits. We concluderen dat commerciële kits zich richten op relevante parasieten, maar hun prestaties kunnen variëren.

Ontwikkelingsvalidatie van GlobalFiler ™ PCR-amplificatiekit: een 6-kleurstof multiplex-assay ontworpen voor amplificatie van casusmonsters.

De GlobalFiler ™ PCR-versterkingskit is een enkele multiplex-assay die een set van 24 markers amplificeert, die de European Standard Set en de door CODIS (Combined DNA Index System) aanbevolen samengestelde set van loci omvat. Naast meer loci en een chemieformaat met 6 kleurstoffen, is de Master Mix geformuleerd om een ​​hoger laadvolume van monsters voor sporen-DNA-monsters mogelijk te maken. De GlobalFiler ™ -kit is geoptimaliseerd om hoge prestaties te leveren op casusmonsters en tegelijkertijd een snelle thermische cyclus te leveren, met een versterkingstijd van ongeveer 80 minuten.

FAM FLICA CASPASE-8 KIT
MBS239195-5x100Tests 5x100Tests
EUR 5145

FAM FLICA CASPASE-2 KIT
MBS239214-25Tests 25Tests
EUR 465

FAM FLICA CASPASE-2 KIT
MBS239214-5x25Tests 5x25Tests
EUR 2120

FAM FLICA CASPASE-9 KIT
MBS239219-25Tests 25Tests
EUR 465

FAM FLICA CASPASE-9 KIT
MBS239219-5x25Tests 5x25Tests
EUR 2120

FAM FLICA POLY CASPASE KIT
GWB-Q00451 25 TESTS Ask for price

FAM FLICA POLY CASPASE KIT
GWB-Q00452 100 TESTS Ask for price

FAM FLICA POLY CASPASE KIT
MBS239189-100Tests 100Tests
EUR 1110

FAM FLICA POLY CASPASE KIT
MBS239189-5x100Tests 5x100Tests
EUR 5145

FAM FLICA POLY CASPASE KIT
MBS239204-25Tests 25Tests
EUR 465

FAM FLICA POLY CASPASE KIT
MBS239204-5x25Tests 5x25Tests
EUR 2120

SR FLICA Caspase 3 and 7 Assay Kit
MBS258021-100Tests 100Tests
EUR 705

SR FLICA Caspase 3 and 7 Assay Kit
MBS258021-25Tests 25Tests
EUR 320

SR FLICA Caspase 3 and 7 Assay Kit
MBS258021-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

FAM FLICA CASPASE-1 KIT (OKSA11274)
OKSA11274 25 Tests
EUR 709.2
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-1 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICA CASPASE-1 KIT (OKSA11275)
OKSA11275 100 Tests
EUR 1827.6
Description: Description of target: The FAM FLICATM Capase 1 kit uses a target sequence (YVAD) sandwiched between a green fluorescent label, FAM, and FMK to make a quick and flexible method to analyze active capases in apoptotic cells. These kits measure apoptosis by detecting active caspases in whole, living cells. They don't work by using antibodies or an ELISA. Instead, their methodology is based a unique cell-permeable and non-cytotoxic reagent called Fluorochrome Inhibitor of Caspases. These kits are suitable for cells in suspension, adherent cells, thin tissue sections (but not fixed or paraffin-embedded cells) from many species including mammalian, insect, and yeast. Different cell types, e.g. HeLa, primary neurons, macrophages and lymphocytes have also been successfully studied with these kits. ;Species reactivity: Human;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM-FLICA Caspase 2 Assay Kit
MBS258004-100Tests 100Tests
EUR 705

FAM-FLICA Caspase 2 Assay Kit
MBS258004-25Tests 25Tests
EUR 320

FAM-FLICA Caspase 2 Assay Kit
MBS258004-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

FAM-FLICA Caspase 8 Assay Kit
MBS258011-100Tests 100Tests
EUR 705

FAM-FLICA Caspase 8 Assay Kit
MBS258011-25Tests 25Tests
EUR 320

FAM-FLICA Caspase 8 Assay Kit
MBS258011-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

FAM-FLICA Caspase 6 Assay Kit
MBS258019-100Tests 100Tests
EUR 705

FAM-FLICA Caspase 6 Assay Kit
MBS258019-25Tests 25Tests
EUR 320

FAM-FLICA Caspase 6 Assay Kit
MBS258019-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

FAM-FLICA Caspase 9 Assay Kit
MBS258024-100Tests 100Tests
EUR 705

FAM-FLICA Caspase 9 Assay Kit
MBS258024-25Tests 25Tests
EUR 320

FAM-FLICA Caspase 9 Assay Kit
MBS258024-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

FAM-FLICA Caspase 10 Assay Kit
MBS258025-100Tests 100Tests
EUR 705

FAM-FLICA Caspase 10 Assay Kit
MBS258025-25Tests 25Tests
EUR 320

FAM-FLICA Caspase 10 Assay Kit
MBS258025-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

FAM-FLICA Poly Caspase Assay Kit
MBS258010-100Tests 100Tests
EUR 705

FAM-FLICA Poly Caspase Assay Kit
MBS258010-25Tests 25Tests
EUR 320

FAM-FLICA Poly Caspase Assay Kit
MBS258010-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

FAM FLICA CASPASE-3/7 KIT
GWB-Q00443 25 TESTS Ask for price

FAM FLICA CASPASE-3/7 KIT
GWB-Q00444 100 TESTS Ask for price

FAM FLICA CASPASE-3/7 KIT
MBS239174-100Tests 100Tests
EUR 1110

FAM FLICA CASPASE-3/7 KIT
MBS239174-5x100Tests 5x100Tests
EUR 5145

FAM FLICA CASPASE-3/7 KIT
MBS239216-25Tests 25Tests
EUR 465

FAM FLICA CASPASE-3/7 KIT
MBS239216-5x25Tests 5x25Tests
EUR 2120

SR FLICA® Caspase 3 and 7 Assay Kit
931 25
EUR 216

SR FLICA® Caspase 3 and 7 Assay Kit
932 100
EUR 615

FAM-FLICA Caspase 1 WEHD Assay Kit
MBS258414-100Tests 100Tests
EUR 740

FAM-FLICA Caspase 1 WEHD Assay Kit
MBS258414-25Tests 25Tests
EUR 335

FAM-FLICA Caspase 1 WEHD Assay Kit
MBS258414-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3410

FAM FLICA CASPASE-10 KIT (OKSA11285)
OKSA11285 100 Tests
EUR 1875.6
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-10 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICA CASPASE-2 KIT (OKSA11283)
OKSA11283 100 Tests
EUR 1593.6
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-2 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

OKSA11274-25T - FAM FLICA CASPASE-1 KIT
OKSA11274-25T 25Tests
EUR 459

OKSA11275-100T - FAM FLICA CASPASE-1 KIT
OKSA11275-100T 100Tests
EUR 1249

FAM-FLICA® Caspase 9 Assay Kit
912 25
EUR 216

FAM-FLICA® Caspase 9 Assay Kit
913 100
EUR 615

FAM-FLICA® Caspase 2 Assay Kit
918 25
EUR 216

FAM-FLICA® Caspase 2 Assay Kit
919 100
EUR 615

FAM-FLICA® Caspase 10 Assay Kit
922 25
EUR 216

FAM-FLICA Caspase 3 & 7 Assay Kit
MBS258028-100Tests 100Tests
EUR 705

FAM-FLICA Caspase 3 & 7 Assay Kit
MBS258028-25Tests 25Tests
EUR 320

FAM-FLICA Caspase 3 & 7 Assay Kit
MBS258028-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

FAM-FLICA® Caspase 1 WEHD Assay Kit
9161 25
EUR 234

FAM-FLICA® Caspase 1 WEHD Assay Kit
9162 100
EUR 649

FAM FLICA CASPASE-3/7 KIT (OKSA11271)
OKSA11271 100 Tests
EUR 1828.8
Description: Description of target: The FAM FLICA™ Caspase 3 & 7 kit uses a quick and easy method to analyze active caspases in apoptotic cells.;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

OKSA11285-100T - FAM FLICA CASPASE-10 KIT
OKSA11285-100T 100Tests
EUR 1279

OKSA11272-25T - FAM FLICA™ CASPASE-6 KIT
OKSA11272-25T 25Tests
EUR 469

OKSA11276-25T - FAM FLICA™ CASPASE-8 KIT
OKSA11276-25T 25Tests
EUR 459

OKSA11278-25T - FAM FLICA™ CASPASE-9 KIT
OKSA11278-25T 25Tests
EUR 459

OKSA11271-100T - FAM FLICA CASPASE-3/7 KIT
OKSA11271-100T 100Tests
EUR 1249

OKSA11273-100T - FAM FLICA™ CASPASE-6 KIT
OKSA11273-100T 100Tests
EUR 1269

OKSA11277-100T - FAM FLICA™ CASPASE-8 KIT
OKSA11277-100T 100Tests
EUR 1249

OKSA11279-100T - FAM FLICA™ CASPASE-9 KIT
OKSA11279-100T 100Tests
EUR 1249

OKSA11268-25T - FAM FLICA™ POLY CASPASE KIT
OKSA11268-25T 25Tests
EUR 459

OKSA11269-100T - FAM FLICA™ POLY CASPASE KIT
OKSA11269-100T 100Tests
EUR 1249

FLICA 660 Caspase-1 Kit
MBS225369-2550Tests 25-50Tests
EUR 535

FLICA 660 Caspase-1 Kit
MBS225369-5x2550Tests 5x25-50Tests
EUR 2450

FLICA 660 Poly Caspase Kit
MBS225840-2550Tests 25-50Tests
EUR 535

FLICA 660 Poly Caspase Kit
MBS225840-5x2550Tests 5x25-50Tests
EUR 2450

FLICA 660 Caspase-3/7 Kit
MBS225370-2550Tests 25-50Tests
EUR 535

FLICA 660 Caspase-3/7 Kit
MBS225370-5x2550Tests 5x25-50Tests
EUR 2450

SR FLICA CASPASE-9 KIT
GWB-Q00475 25 TESTS Ask for price

SR FLICA CASPASE-9 KIT
GWB-Q00476 100 TESTS Ask for price

SR FLICA CASPASE-9 KIT
MBS239176-25Tests 25Tests
EUR 465

SR FLICA CASPASE-9 KIT
MBS239176-5x25Tests 5x25Tests
EUR 2120

SR FLICA CASPASE-9 KIT
MBS239212-100Tests 100Tests
EUR 1110

SR FLICA CASPASE-9 KIT
MBS239212-5x100Tests 5x100Tests
EUR 5145

SR-FLICA Caspase 9 Assay Kit
MBS258030-100Tests 100Tests
EUR 705

SR-FLICA Caspase 9 Assay Kit
MBS258030-25Tests 25Tests
EUR 320

SR-FLICA Caspase 9 Assay Kit
MBS258030-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

SR-FLICA Poly Caspase Assay Kit
MBS258012-100Tests 100Tests
EUR 705

SR-FLICA Poly Caspase Assay Kit
MBS258012-25Tests 25Tests
EUR 320

SR-FLICA Poly Caspase Assay Kit
MBS258012-5x100Tests 5x100Tests
EUR 3255

SR FLICA POLY CASPASE KIT
GWB-Q00477 25 TESTS Ask for price

SR FLICA POLY CASPASE KIT
GWB-Q00478 100 TESTS Ask for price

SR FLICA POLY CASPASE KIT
MBS239210-25Tests 25Tests
EUR 465

SR FLICA POLY CASPASE KIT
MBS239210-5x25Tests 5x25Tests
EUR 2120

SR FLICA POLY CASPASE KIT
MBS239213-100Tests 100Tests
EUR 1110

SR FLICA POLY CASPASE KIT
MBS239213-5x100Tests 5x100Tests
EUR 5145

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-6 KIT (OKSA11272)
OKSA11272 25 Tests
EUR 717.6
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-6 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-6 KIT (OKSA11273)
OKSA11273 100 Tests
EUR 1860
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-6 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-8 KIT (OKSA11276)
OKSA11276 25 Tests
EUR 709.2
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-8 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-8 KIT (OKSA11277)
OKSA11277 100 Tests
EUR 1828.8
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-8 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-9 KIT (OKSA11278)
OKSA11278 25 Tests
EUR 709.2
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-9 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-9 KIT (OKSA11279)
OKSA11279 100 Tests
EUR 1828.8
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-9 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ CASPASE-2 KIT (OKSA11282)
OKSA11282 25 Tests
EUR 668.4
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ CASPASE-2 KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ POLY CASPASE KIT (OKSA11268)
OKSA11268 25 Tests
EUR 709.2
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ POLY CASPASE KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

FAM FLICAâ„¢ POLY CASPASE KIT (OKSA11269)
OKSA11269 100 Tests
EUR 1828.8
Description: Description of target: FAM FLICAâ„¢ POLY CASPASE KIT;Species reactivity: ;Application: FC, IF;Assay info: ;Sensitivity:

SR-FLICA® Poly Caspase Assay Kit
916 25
EUR 216

SR-FLICA® Poly Caspase Assay Kit
917 100
EUR 615

OKSA11282-25T - FAM FLICAâ„¢ CASPASE-2 KIT
OKSA11282-25T 25Tests
EUR 429

OKSA11301-25T - SR FLICA™ CASPASE-9 KIT
OKSA11301-25T 25Tests
EUR 469

OKSA11302-100T - SR FLICA™ CASPASE-9 KIT
OKSA11302-100T 100Tests
EUR 1289

FAM-FLIVO In vivo Poly Caspase Assay
MBS258407-24Tests 24Tests
EUR 650

FAM-FLIVO In vivo Poly Caspase Assay
MBS258407-5x24Tests 5x24Tests
EUR 2980

FAM-FLIVO In vivo Poly Caspase Assay
MBS258407-6Tests 6Tests
EUR 310

OKSA11280-25T - SR FLICA™ POLY CASPASE KIT
OKSA11280-25T 25Tests
EUR 489

OKSA11281-100T - SR FLICA™ POLY CASPASE KIT
OKSA11281-100T 100Tests
EUR 1249

Caspase 1 Assay Kit
20-abx299019
  • Ask for price
  • Ask for price
  • 100 tests
  • 25 tests

Caspase 1 Assay Kit
abx299023-2550tests 25-50 tests
EUR 830.4

Caspase 1 Cell-Based ELISA Kit
CB5098 1Kit
EUR 280
Description: Caspase 1 Colorimetric Cell-Based ELISA Kit

Hier rapporteren we de resultaten van de ontwikkelingsvalidatiestudie die de SWGDAM-richtlijnen (Scientific Working Group on DNA Analysis Methods) volgde en gegevens bevat voor PCR-gebaseerde studies, gevoeligheid, soortspecificiteit, stabiliteit, precisie, reproduceerbaarheid en herhaalbaarheid, concordantie, stotteren , DNA-mengsels en prestaties op mock casework-monsters. De resultaten valideren het multiplex-ontwerp en demonstreren de robuustheid, betrouwbaarheid en geschiktheid van de kit als een test voor menselijke identificatie met DNA-monsters van de behuizing.